Mekanisme SKB pada umumnya digunakan sebagai dokumen formal atas fasilitas bebas dari pengenaan pajak atas objek pajak tertentu (harusnya dikenakan PPh tetapi karena diberikan fasilitas maka tidak dikenakan PPh, contohnya SKB PPh Pasal 22 impor, SKB pemotongan pemungutan PPh PER-1/PJ/2011). Ketentuan yang menjadi dasar mekanisme SKB ini adalah PER-30/PJ/2009:
- Pasal 2 ayat (1) hruuf e, dikecualikan dari kewajiban pembayaran atau pemungutan Pajak Penghasilan atas pengalihan hak atas tanah dan/atau bangunan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 1 ayat (2) adalah pengalihan hak atas tanah dan/atau bangunan karena warisan;
- Pasal 3 ayat (1), pengecualian dari kewajiban pembayaran atau pemungutan Pajak Penghasilan dari pengalihan hak atas tanah dan/atau bangunan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 2 ayat (1) huruf a, huruf c, huruf d, dan huruf e, diberikan dengan penerbitan Surat Keterangan Bebas Pajak Penghasilan atas penghasilan dari pengalihan hak atas tanah dan/atau bangunan;
- Pasal 4 ayat (1), permohonan untuk memperoleh Surat Keterangan Bebas atas penghasilan dari pengalihan hak atas tanah dan/atau bangunan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 3 ayat (1) diajukan secara tertulis oleh orang pribadi atau badan yang melakukan pengalihan hak atas tanah dan/atau bangunan ke Kantor Pelayanan Pajak (KPP) tempat orang pribadi atau badan yang bersangkutan terdaftar atau bertempat tinggal dengan format sesuai dengan Lampiran I yang tidak terpisahkan dari Peraturan Direktur Jenderal Pajak ini;
- Pasal 4 ayat (2), dalam hal pengalihan hak atas tanah dan/atau bangunan karena warisan, permohonan untuk memperoleh Surat Keterangan Bebas Pajak Penghasilan atas penghasilan dari pengalihan hak atas tanah dan/atau bangunan sebagaimana dimaksud pada ayat (1) diajukan oleh ahli waris.
Membaca ketentuan Pasal 4 ayat (2) PER-30/PJ/2009 harus dikembalikan kepada konsep PPh. Pajak Penghasilan dikenakan terhadap subjek pajak yang menerima penghasilan. Dalam hal pengalihan hak atas tanah dan/atau bangunan penerima penghasilan adalah yang mengalihkan hak, misalnya penjual dalam hal jual beli. Dalam hal waris maka yang mengalihkan adalah pewaris. Dengan demikian pada hakikatnya yang mempunyai kewajiban pembayaran PPh pengalihan adalah pewaris, dalam hal PPh dibebaskan tentu yang di-SKB-kan adalah pewaris (atas nama pewaris). Dengan konsep tersebut maka seharusnya permohonan SKB dilakukan oleh pewaris dan diajukan ke KPP pewaris terdaftar atau bertempat tinggal. Oleh karena dalam hal waris pewarisnya sudah meninggal tentu saja pewaris tidak bisa mengurus permohonan SKB, maka permohonan SKB dilakukan oleh ahli waris menggantikan/sebagai kuasa dari pewaris.
Dengan konsep tersebut maka dapat disimpulkan bahwa proses permohonan SKB Waris dilakukam oleh ahli waris, diajukan kepada KPP tempat pewaris terdaftar/domisili (semasa hidupnya).